WE Invoice obtiene el método de pago del pediddo, pero puedes cambiarlo con este hook:
add_filter( 'weinvoice_payment_method', function( $payment_method_title, $order ) { return 'My payment method'; }, 10, 2 );
Nota: Nota: Si quieres saber más sobre los hooks de WordPress vista esta página de la documentación sobre formulariohooks en Codex WordPress.