WE Invoice puede crear un nuevo campo NIF en los ajustes para mostrarlo en las factuas, pero si ya estabas usando un plugin con su propio campo NIF puedes usarlo en las facturas de WE Invoice con este hook:

add_filter( 'weinvoice_billing_ssn_number', function( $ssn_number, $order ) {
  // Recuperar el NIF
  return '11111111';
}, 10, 2 );


Desactiva el NIF en los ajustes:

Y asegúrate que tienes el campo [[ssn_number]] en la factura

Nota: Nota: Si quieres saber más sobre los hooks de WordPress vista esta página de la documentación sobre formulariohooks en Codex WordPress.