Para generar facturas rectificativas previamente deberás activarlas en los ajustes generales del plugin.
Las facturas rectificativas se generan a partir de los reembolsos de WooCommerce. Es decir sólo se pueden hacer facturas rectificativas de aquellos pedidos que tengan reembolsos.
Se podrá generar una factura rectificativa por cada reembolso.
Otra requerimiento previo, y lógico, es que no es posible crear una factura rectificativa sino hay una factura normal creada.